Kök hücre alanında her geçen gün kaydedilen yeni gelişmeler ışığında pek çok hastalığın iyileştirilmesinde mezenkimal kök hücre tedavisi uygulanabiliyor. Özellikle ortopedi, nöroloji, göz ve travmatoloji alanında, uygun yaş ve fiziksel özellikte olan pek çok hastanın tedavisinde kullanılabilen bir yöntem hâline gelmektedir.

Yapılan bilimsel araştırmalar sonucunda Alzheimer, Parkinson, tip1–2 Diabet, ALS, MS gibi progresif seyir gösteren hastalıkların yanı sıra omurilik yaralanmalarına ve beyin damar tıkanıklığına bağlı olarak gelişen inme gibi pek çok nörolojik hastalığın tedavisi amacıyla da kök hücre kullanımında önemli gelişmeler kaydediliyor. Mezenkimal kök hücrelerin bu gibi yeni keşfedilen pek çok özelliği sayesinde yakın gelecekte bu hastalıklara kök hücre tedavileri uygulanması bekleniyor. Bunlara ek olarak, doku ve organ nakillerinden sonra görülen doku uyuşmazlığı hastalığı (GVHD) gelişmesi sonrasında da mezenkimal kök hücrelerin kullanımı günümüzde yaygın olarak gerçekleştirilmektedir.